KSeF w medycynie – co to oznacza i jak się przygotować?

Już od lutego 2026 roku odbieranie faktur w KSeF stanie się obowiązkowe dla wszystkich przedsiębiorców w Polsce – od małych jednoosobowych działalności gospodarczych po największe spółki. Krajowy System e-Faktur obejmie także przedstawicieli zawodów medycznych. Czym jest KSeF i jak będzie działał? Przygotuj się na cyfrową rewolucję z inFaktem! 

Czym jest KSeF?

KSeF (Krajowy System e-Faktur) to nowy rządowy system do wystawiania, odbierania i przechowywania faktur elektronicznych w ustrukturyzowanym formacie, czyli e-faktur. Celem tej platformy jest szybszy, bardziej uporządkowany i bezpieczny obieg faktur, dostępny online i widoczny dla urzędu skarbowego. Co ważne, faktury w KSeF będą przechowywane przez 10 lat, co zdejmuje z przedsiębiorców obowiązek ich archiwizacji. 

Kto musi korzystać z KSeF? 

Obowiązek korzystania z KSeF obejmie wszystkie jednoosobowe działalności gospodarcze oraz spółki, a co za tym idzie wszystkich przedstawicieli zawodów medycznych, którzy prowadzą działalność. Do Krajowego Systemu e-Faktur dołączy, zgodnie z poniższym harmonogramem, każdy podmiot, który jest firmą, niezależnie od tego czy jest czynnym podatnikiem VAT czy nie. 

Kiedy KSeF wejdzie w życie? 

Obowiązek wysyłania faktur do Krajowego Systemu e-Faktur obejmie wszystkich przedsiębiorców w Polsce, którzy wystawiają faktury na rzecz innych firm i wejdzie w życie etapami:

• od 1 lutego 2026 r. – dla największych firm, których obroty przekraczają 200 mln zł;
• od 1 kwietnia 2026 r. – dla pozostałych przedsiębiorców;
• od 1 stycznia 2027 r. – dla najmniejszych firm (wartość sprzedaży na fakturach do 10 tys. zł z VAT miesięcznie). 

Natomiast obligatoryjne odbieranie faktur z KSeF wjedzie w życie dla wszystkich w tym samym momencie - już od lutego 2026 r. 

Oznacza to, że faktury za m.in.:

• sprzęt medyczny
• leasing
• media
• usługi IT
• usługi doradcze

mogą być do odbioru w KSeF.

Wybierz księgowość w inFakcie i otrzymaj dodatkowe 100 zł rabatu!

Jakie dokumenty będą w KSeF?

Nie wszystkie dokumenty wykorzystywane dziś w obiegu gospodarczym będą funkcjonowały w ramach Krajowego Systemu e-Faktur. 

Obowiązkowo w KSeF znajdą się:

• wszystkie faktury B2B wystawiane dla krajowych firm;
• faktury dla zagranicznych kontrahentów (wystawiane w KSeF, a kontrahent otrzymuje ich wizualizację, np. PDF, którą możemy pobrać z KSeF lub aplikacji inFakt).

Faktury B2C, czyli na rzecz konsumentów, osób fizycznych będziemy wysyłać do KSeF dobrowolnie – możemy, lecz nie musimy tego robić. Warto rozważyć już teraz, jak to rozwiążemy, by zachować porządek w dokumentacji.

Poza KSeF pozostaną:

• faktury od zagranicznych kontrahentów;
• faktury uproszczone (paragony z NIP), które będą funkcjonować tylko do końca 2026 r.

Jak korzystać z KSeF?

Faktury można wystawiać i odbierać:

• “ręcznie” – bezpośrednio w rządowej Aplikacji Podatnika;
• bezobsługowo – przez programy komercyjne (np. inFakt), które automatycznie komunikują się z KSeF;

Druga opcja pozwala uniknąć ręcznego logowania Profilem Zaufanym, pobierania plików i pilnowania statusów i numeracji dokumentów. inFakt automatycznie pobierze Twoje faktury kosztowe i powiadomi Cię o nich – w Aplikacji Podatnika nie ma takiej funkcji. Rozwiązania komercyjne są więc dużym ułatwieniem. O praktyce działania systemu przeczytasz w dalszej części tekstu.

KSeF w praktyce – lekarz JDG vs. spółka

Choć główne zasady działania KSeF są takie same zarówno dla lekarzy, którzy prowadzą własną praktykę na zasadzie JDG, jak i dla spółek, to są jednak pewne różnice. 

Lekarz prowadzący JDG

Jednoosobowa działalność jest automatycznie „widoczna” w KSeF. Lekarz może zalogować się do systemu np. poprzez Profil Zaufany w Aplikacji Podatnika.

Po zalogowaniu może:

• wystawiać faktury oraz odczytać i pobrać faktury kosztowe;
• nadawać uprawnienia innym osobom (np. księgowej, pracownikom);
• połączyć KSeF z programem do fakturowania lub księgowości;
• korzystać z certyfikatu KSeF.

W Module Certyfikatów i Uprawnień (a od lutego 2026 r. w Aplikacji Podatnika) możesz wygenerować swój certyfikat KSeF, który będzie Twoim podpisem w cyfrowym świecie. 

Po wgraniu takiego certyfikatu do programu do fakturowania, jak inFakt, możesz automatycznie, bez logowania i wygodnie wystawiać faktury z inFaktu. To działanie jest jednorazowe. Certyfikaty są przyznawane na 2 lata. 

KSeF i medyczne JDG w inFakcie

Fakturowanie w aplikacji inFaktu jest wygodne i intuicyjne. 

W praktyce wygląda to tak:

• wystawiasz fakturę w inFakcie – system automatycznie wysyła ją do KSeF, a więc i do  kontrahenta oraz Twojego księgowego, jeśli takiego masz;
• odbierasz faktury kosztowe – inFakt automatycznie je pobiera i powiadamia Cię o nowych dokumentach;
• decydujesz, które dokumenty trafiają do księgowości, a które nie będą zaksięgowane;
• nie musisz logować się do ministerialnej aplikacji.

Efekt: faktury są zgodne z KSeF, archiwizowane i gotowe do rozliczeń, a Ty oszczędzasz czas. Pilnujemy też numeracji Twoich dokumentów. 

Dodatkowo inFakt przygotował dedykowaną ofertę dla medyków, w ramach której osobistego księgowego i funkcjonalną aplikację otrzymasz w cenie od 179 zł netto miesięcznie. Jeżeli nie masz jeszcze działalności, to Księgowy inFakt pomoże Ci ją założyć bezpośrednio w aplikacji inFakt.

Księgowość w inFakcie już od 179 zł netto! 

Spółki muszą wykonać dodatkowy krok przed rozpoczęciem pracy w KSeF.

Konieczne jest złożenie formularza ZAW-FA, w którym spółka wyznacza swojego administratora w KSeF. Dopiero administrator może:

• zalogować się do systemu;
• nadać uprawnienia wspólnikom, pracownikom i księgowym.

Spółka medyczna i KSeF w inFakcie

Po złożeniu formularza ZAW-FA i otrzymaniu potwierdzenia z Urzędu Skarbowego uprawniony przedstawiciel spółki może zalogować się do Aplikacji Podatnika i wystawiać oraz odbierać faktury z KSeF. Natomiast dzięki certyfikatowi łatwo zintegruje swoją księgowość z inFaktem. Po integracji spółka:

• wystawia faktury bezpośrednio do KSeF z aplikacji inFakt
• automatycznie odbiera faktury kosztowe i otrzymuje powiadomienia 
• ma kontrolę statusów i raportów w jednym systemie
• zarządza uprawnieniami użytkowników

Zaleta dla spółek

InFakt nie tylko pomaga wystawiać i odbierać faktury, ale także koordynuje uprawnienia i automatyzuje procesy w porównaniu do operowania bezpośrednio przez ministerialny portal. Pilnujemy też numeracji dokumentów.

inFakt obsługuje spółki z o.o. w pełnej księgowości i zapewnia najlepszych księgowych w kraju. Sprawdź! 

Dlaczego warto wdrożyć KSeF już teraz?

Nawet jeśli obowiązek wystawiania faktur w KSeF obejmie Cię od kwietnia, warto już teraz zadbać o odpowiednie przygotowanie na Krajowy System e-Faktur. Dzięki niemu:

• odbierzesz łatwo faktury kosztowe już od 1 lutego 
• eliminujesz ręczne wysyłanie faktur i e-maile z PDF 
• dokumenty są automatycznie archiwizowane przez 10 lat i masz do nich zawsze dostęp
• masz mniejszą szansę na popełnienie błędów, a obieg dokumentów jest szybszy
• szybciej otrzymasz zwrot VAT, już w 40 dni

Księgowość zgodna z KSeF w inFakcie już od 179 zł netto! 

Podsumowanie

Krajowy System e-Faktur obejmie wszystkich przedsiębiorców w Polsce, choć wejdzie etapami. Główne daty dla lekarzy i praktyk medycznych:

• 1 lutego 2026 – obowiązkowe odbieranie e-faktur w KSeF dla wszystkich oraz wystawianie faktur dla największych firm;
• 1 kwietnia 2026 – obowiązek wystawiania e-faktur dla pozostałych przedsiębiorców;
• 1 stycznia 2027 – odroczenie wystawiania e-faktur dla najmniejszych podmiotów z niskimi obrotami. 

inFakt to Twój partner w KSeF:

• najlepsi księgowi w Polsce
• bezobsługowy KSeF dla JDG i spółek
• pełna integracja faktur i księgowości
• pełna księgowość dla spółek
• wsparcie doświadczonych księgowych