KSeF w gabinecie lekarskim. Co się zmienia od 2026 roku?

Od 1 lutego 2026 r. korzystanie z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) stanie się w Polsce obowiązkowe. Choć przez lata system funkcjonował dobrowolnie, a jego wdrożenie było kilkukrotnie odkładane, Ministerstwo Finansów potwierdza dziś jednoznacznie: dalszego przesunięcia terminów nie będzie. Zmiany obejmą także lekarzy i lekarzy dentystów prowadzących działalność gospodarczą – choć nie w każdej relacji i nie w takim samym zakresie, jak w innych branżach.

Krajowy System e-Faktur to centralna platforma prowadzona przez Ministerstwo Finansów, służąca do wystawiania, przechowywania i udostępniania tzw. faktur ustrukturyzowanych. Jego celem jest ujednolicenie dokumentów VAT, automatyzacja rozliczeń podatkowych oraz zwiększenie kontroli nad obrotem gospodarczym. Wdrożenie KSeF ma pozwolić także unikać błędów przy ich wystawianiu.

Jak wyjaśnia resort finansów, rozwiązanie to wprowadzono od stycznia 2022 roku.

Od tego momentu przedsiębiorcy, którzy zdecydowali się na dobrowolne rozwiązanie, mieli możliwość wystawiania faktur ustrukturyzowanych w ramach KSeF. Od października 2021 roku prowadzony był pilotaż z udziałem podatników w celu dostosowania systemów informatycznych, gdzie można było korzystać z udostępnionego środowiska testowego KSeF 

– informuje Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na zapytanie skierowane przez Śląską Izbę Lekarską.

Kiedy KSeF stanie się obowiązkowy?

Obowiązek wystawiania faktur w KSeF będzie wprowadzany etapami, w zależności od skali działalności:

• od 1 lutego 2026 r. – dla przedsiębiorców, których sprzedaż w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł,
• od 1 kwietnia 2026 r. – dla pozostałych podatników VAT, a także korzystających ze zwolnień podmiotowych lub przedmiotowych, czyli dla wszystkich przedsiębiorców, którzy wystawiają faktury VAT
• od 1 stycznia 2027 r. – dla najmniejszych firm, których miesięczna sprzedaż fakturowana nie przekracza 10 tys. zł brutto.

Każdy podmiot prowadzący działalność gospodarczą, od jednoosobowej działalności gospodarczej (JDG) po duże spółki, będzie musiał korzystać z KSeF, przynajmniej w zakresie odbioru faktur kosztowych (np. za materiały, paliwo, media, leasing, sprzęt medyczny). Dotyczy to także firm działających w sektorze ochrony zdrowia (zwolnionych z VAT) 

– wyjaśnia Komisja Stomatologiczna ORL w Katowicach.

Lekarze a KSeF: kluczowe rozróżnienie

Najwięcej wątpliwości w środowisku lekarskim dotyczy relacji z pacjentami. Ministerstwo Finansów jednoznacznie wyjaśnia: faktury wystawiane na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej (B2C), czyli pacjentów, nie muszą być wystawiane w KSeF. W tym zakresie nic się nie zmienia: dokument może mieć formę papierową lub elektroniczną poza systemem KSeF, a decyzja o skorzystaniu z KSeF pozostaje dobrowolna. Inaczej jest w relacjach profesjonalnych. 

Obowiązkowi e-fakturowania w KSeF podlegają m.in.:

• faktury wystawiane na rzecz NFZ,
• faktury w ramach umów B2B (np. kontrakty lekarskie),
• faktury za usługi świadczone na rzecz innych podmiotów gospodarczych.

Jeżeli więc lekarz lub lekarz dentysta wystawia fakturę innemu przedsiębiorcy, ma obowiązek zrobić to za pośrednictwem KSeF. Np. jeśli lekarz wystawia fakturę za swoje usługi np. dla szpitala, przychodni czy innej firmy to musi wystawić fakturę za pośrednictwem KSeF. 

Zwolnienie z VAT nie oznacza zwolnienia z KSeF

Resort finansów w piśmie do Śląskiej Izby Lekarskiej wyraźnie podkreśla, że obowiązek korzystania z KSeF dotyczy czynności, które zgodnie z ustawą o VAT wymagają udokumentowania fakturą.

Będą to czynności podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT w Polsce, w tym krajowe dostawy towarów i świadczenie usług dokonywane pomiędzy przedsiębiorcami (B2B) i na rzecz organów publicznych (B2G). Obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych (w KSeF), zwanych dalej „e-fakturami", będzie miał zastosowanie do podatników wykonujących czynności objęte wymogiem fakturowania według polskich regulacji VAT, którzy posiadają siedzibę lub stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce (w tym drugim przypadku, gdy to stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej uczestniczy w dostawie towarów lub świadczeniu usług). W zakresie KSeF dopuszcza się fakultatywną możliwość wystawiania e-faktur dla nabywców będących osobami fizycznymi nieprowadzącymi działalności gospodarczej - konsumentów (B2C). To podatnik - wystawca faktury dla konsumenta - będzie decydował, czy wystawia fakturę przy użyciu KSeF, czy decyduje się na wystawienie faktury na dotychczasowych zasadach poza KSeF 

– podaje Ministerstwo Finansów.

Jak informuje resort, podatnik, w tym także lekarz/lekarz dentysta, nie jest obowiązany do wystawiania faktur w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku. W takim przypadku tzw. podatnik zwolniony nie musi wystawić faktury, chyba że nabywca tego zażąda.

Wystawienie faktury na żądanie nabywcy jest wymagane, jeśli żądanie to zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę. A contario, jeżeli żądanie zostało zgłoszone po wskazanym terminie, wtedy podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury. W takim przypadku, na podstawie ustawy o VAT, nie ma obowiązku udokumentowania takiej transakcji. Jeśli podatnik będzie chciał udokumentować transakcję zwolnioną z VAT wykonaną na rzecz innego podatnika, powinien wystawić fakturę także w przypadku braku żądania, gdyż mowa jest o udokumentowaniu czynności podlegającej VAT. w takim przypadku również wystąpi obowiązek wystawienia tej faktury w KSeF 

– informuje resort.

W sytuacji wystawienia faktury przez lekarza/lekarza dentystę na rzecz podmiotu gospodarczego ma on obowiązek wystawienia tej faktury przy użyciu KSeF, natomiast w przypadku wystawienia faktury na żądanie na rzecz konsumenta nie ma obowiązku wystawienia tej faktury przy użyciu KSeF, jest to dobrowolne. 

Czasowe wyłączenia i kasa fiskalna

Do 31 grudnia 2026 r. ustawodawca przewidział dodatkowe wyłączenia z obowiązku wystawiania faktur w KSeF. Dotyczą one m.in.:

• podatników, których miesięczna sprzedaż udokumentowana fakturami nie przekracza 10 tys. zł brutto,
• faktur wystawianych przy użyciu kas rejestrujących, w tym paragonów z NIP nabywcy do 450 zł, uznanych za faktury.

Warto przy tym pamiętać, że usługi opieki medycznej świadczone przez lekarzy na rzecz pacjentów są co do zasady ewidencjonowane na kasie fiskalnej, a podstawowym dokumentem potwierdzającym wykonanie takiej usługi pozostaje paragon.

Więcej informacji na temat KSeF można znaleźć tutaj.